La Cour dénonce, à côté des erreurs de la CDC et de Bluenext, la trop lente réaction de l'administration fiscale dans l'affaire de la fraude à la TVA sur les quotas carbone. Elle a valu une perte de près 1,6 milliard d'euros à l'Etat. La Cour recommande d'adapter le système fiscal à la spécificité des marchés complexes et de ne plus «subordonner systématiquement les procédures de contrôle fiscal au déroulement des enquêtes pénales», ce qui fait perdre un temps et un argent précieux.